什么網(wǎng)站能免費(fèi)做推廣,忻州網(wǎng)站建設(shè)哪家好,襄樊做網(wǎng)站,婚介 東莞網(wǎng)站建設(shè)真核基因組并非雜亂無(wú)章地分布在細(xì)胞核內(nèi)#xff0c;而是以高度有序的染色質(zhì)結(jié)構(gòu)存在。通過(guò)染色質(zhì)構(gòu)象捕獲技術(shù)及其衍生的Hi-C、ChIA-PET等多種高通量手段#xff0c;人們發(fā)現(xiàn)基因組在三維空間中形成了諸如A、B compartments#xff0c;拓?fù)湎嚓P(guān)結(jié)構(gòu)域#xff08;TADs…真核基因組并非雜亂無(wú)章地分布在細(xì)胞核內(nèi)而是以高度有序的染色質(zhì)結(jié)構(gòu)存在。通過(guò)染色質(zhì)構(gòu)象捕獲技術(shù)及其衍生的Hi-C、ChIA-PET等多種高通量手段人們發(fā)現(xiàn)基因組在三維空間中形成了諸如A、B compartments拓?fù)湎嚓P(guān)結(jié)構(gòu)域TADs和染色質(zhì)環(huán)等精細(xì)結(jié)構(gòu)。這些結(jié)構(gòu)直接參與了增強(qiáng)子與啟動(dòng)子之間的相互作用與基因的激活和沉默密切相關(guān)在轉(zhuǎn)錄調(diào)控過(guò)程中發(fā)揮著舉足輕重的作用。然而傳統(tǒng)3D基因組數(shù)據(jù)庫(kù)多聚焦單物種分析難以實(shí)現(xiàn)跨物種的比較研究。河北農(nóng)業(yè)大學(xué)研究人員發(fā)表于《Plant Communications》標(biāo)題為《An integrative 3D-genome database for plants》的數(shù)據(jù)庫(kù)資源文章成功構(gòu)建了3D-GDP數(shù)據(jù)庫(kù)。該數(shù)據(jù)庫(kù)打破單物種研究局限整合了銀杏、水稻、棉花等26種植物的3D基因組數(shù)據(jù)提供從可視化到功能分析的“一站式”平臺(tái)為解析植物3D基因組進(jìn)化與基因調(diào)控機(jī)制開(kāi)辟新路徑。數(shù)據(jù)庫(kù)鏈接http://www.3d-gdp.com/數(shù)據(jù)庫(kù)首頁(yè)數(shù)據(jù)庫(kù)數(shù)據(jù)規(guī)模基因組覆蓋涵蓋26種植物的383條染色體注釋1,528,029個(gè)基因覆蓋從裸子植物到雙子葉植物的主要進(jìn)化分支。3D結(jié)構(gòu)數(shù)據(jù)包含約111,904個(gè)TADs拓?fù)潢P(guān)聯(lián)結(jié)構(gòu)域、8,678,833個(gè)染色質(zhì)環(huán)所有數(shù)據(jù)均來(lái)自公開(kāi)的植物Hi-C數(shù)據(jù)。注釋信息整合轉(zhuǎn)錄因子TF定位、蛋白互作網(wǎng)絡(luò)、增強(qiáng)子預(yù)測(cè)擬南芥專屬等信息其中蛋白互作數(shù)據(jù)來(lái)自STRING數(shù)據(jù)庫(kù)功能注釋基于GO和KEGG完成標(biāo)準(zhǔn)化處理。數(shù)據(jù)庫(kù)六大核心模塊3D Structure 模塊通過(guò)模擬染色質(zhì)互作信息直觀展示每種植物染色質(zhì)在細(xì)胞核內(nèi)的空間分布支持疊加注釋如A/B compartments、TAD位置、基因/TF/增強(qiáng)子定位用戶可選擇物種、染色體自定義添加注釋圖層通過(guò)交互式界面縮放瀏覽還可下載標(biāo)注表格。Compartment 模塊預(yù)測(cè)26種植物的A/B compartmentsA區(qū)為活躍染色質(zhì)B區(qū)為異染色質(zhì)支持跨物種共線性與compartment結(jié)構(gòu)的聯(lián)合比較通過(guò)熱圖和點(diǎn)圖直觀展示不同植物間的結(jié)構(gòu)保守性。TAD 模塊不僅可視化單物種TAD分布還能通過(guò)“兩物種比對(duì)”“多物種比對(duì)”模式識(shí)別保守TAD并預(yù)測(cè)其功能——包括分析TAD內(nèi)基因的蛋白互作網(wǎng)絡(luò)、計(jì)算互作率以及基于GO/KEGG的功能富集。Loop 模塊通過(guò)Circos圖展示跨物種保守染色質(zhì)環(huán)支持用戶查詢環(huán)兩端5kb內(nèi)的同源基因識(shí)別“結(jié)構(gòu)保守-基因功能關(guān)聯(lián)”的調(diào)控單元。Blast 模塊用戶可上傳核酸/蛋白序列選擇目標(biāo)物種后數(shù)據(jù)庫(kù)自動(dòng)匹配高相似度序列所在的TAD快速關(guān)聯(lián)“基因序列-TAD結(jié)構(gòu)”助力解析目標(biāo)基因的3D調(diào)控背景。JBrowse 模塊基于JBrowse2開(kāi)發(fā)支持實(shí)時(shí)縮放、平移可同時(shí)展示基因組序列、基因注釋、Hi-C接觸熱圖、TAD/loop結(jié)構(gòu)兼容BEDPE、BED、HIC等格式的本地?cái)?shù)據(jù)上傳方便研究者對(duì)比自有數(shù)據(jù)與數(shù)據(jù)庫(kù)參考數(shù)據(jù)。3D-GDP的構(gòu)建3D-GDP作為首個(gè)面向植物的多物種三維基因組比較平臺(tái)成功整合了26個(gè)物種的Hi-C數(shù)據(jù)與多組學(xué)注釋提供了從結(jié)構(gòu)可視化、保守性分析到功能預(yù)測(cè)的一站式工具鏈顯著拓展了植物染色質(zhì)結(jié)構(gòu)研究的深度與廣度。無(wú)論是解析植物3D基因組的進(jìn)化規(guī)律還是挖掘基因調(diào)控的結(jié)構(gòu)基礎(chǔ)3D-GDP都將成為植物科研領(lǐng)域的核心工具。即刻訪問(wèn)數(shù)據(jù)庫(kù)開(kāi)啟你的 “三維基因組探索之旅” 吧參考文獻(xiàn)Yang Q, Wu T, Liu M, et al. An integrative 3D-genome database for plants[J]. Plant Communications, 2025, 6: 101346.VGsoft Team凌恩開(kāi)發(fā)團(tuán)隊(duì)于2015年成立致力于為多組學(xué)相關(guān)生命科學(xué)研究提供數(shù)據(jù)庫(kù)和信息化解決方案。開(kāi)發(fā)團(tuán)隊(duì)骨干由十年以上項(xiàng)目經(jīng)驗(yàn)的資深軟件工程師和生 信工程師構(gòu)成可提供靈活多樣的數(shù)據(jù)庫(kù)構(gòu)建及信息化服務(wù)。服務(wù)項(xiàng)目包括物種數(shù)據(jù)庫(kù)、多組學(xué)數(shù)據(jù)庫(kù)、eDNA數(shù)據(jù)庫(kù)、育種平臺(tái)、生信云平臺(tái)等客戶涵蓋高校、科研院所、三甲醫(yī)院及上市公司等項(xiàng)目成果發(fā)表在Cell, Nucleic Acids Research, Molecular Therapy, Horticulture Research等國(guó)際著名期刊上。每一個(gè)研究領(lǐng)域都至少需要一個(gè)數(shù)據(jù)庫(kù)凌恩 生物開(kāi)發(fā)團(tuán)隊(duì)秉持“數(shù)據(jù)驅(qū)動(dòng)創(chuàng)新客戶賦能未來(lái)”的理念提升科研價(jià)值鞏固數(shù)據(jù)成果鎖定領(lǐng)域影響。更多凌恩項(xiàng)目案例見(jiàn)http://vgsoft.biozeron.com/bmstor/database/anima